Az IO-Link rendszerek konfigurációja több lépésből áll. Első lépésként az IO-Link mastert integrálják az automatizálási rendszerbe, majd az adott terepibusz-rendszernek megfelelően a megfelelő eszközre vonatkozó leírással konfigurálják azt. Az eszközleírás (IODD) tartalmazza a címtartományt, a portok számát, valamint magának a modulnak a tulajdonságait.
A második lépésben történik az IO-Link eszközök paraméterezése egy IO-Link konfigurációs eszköz segítségével. A konfigurációs eszköz leolvassa a gyártó által biztosított IODD-t, majd elvégzi a megfelelőportok, címek, végül a paraméterek hozzárendelését.
Amikor több különböző, egyénileg testreszabott termék készül egy gyártósoron, gyakran van szükség változtatásokra és a gépek korszerűsítésére. Jó példa erre egy töltőüzem, ahol különböző (csomagoló)anyagokat használnak, vagy a gép- és berendezésgyártás, ahol egy termékből több változat is készül. Ez gyakran vezet üzemi állásidőhöz, ami igen költséges lehet. Az IO-Link lehetővé teszi a szenzorok és aktuátorok működés közbeni konfigurációját, hogy a vezérlőrendszer a folyamat- és paraméteradatokat egyidejűleg tudja továbbítani. Nincs külön beállítási idő, ami lehetővé teszi az 1-es tételméretben történő gyártás folytonosságát.
A folyamat- és paraméteradatok egyidejű továbbításával az IO-Link lehetővé teszi a szenzorok és aktuátorok működés közbeni újraparaméterezését.