Konfigurace systému IO-Link sestává z několika kroků. Nejprve se řídící jednotka IO-Link integruje do automatizačního systému a nakonfiguruje se s odpovídajícím popisem zařízení pro příslušný systém sběrnice Fieldbus. Soubor popisu zařízení obsahuje informace o rozsahu adres, počtu portů a charakteristikách samotného modulu.
Druhý krok zahrnuje parametrizaci zařízení IO-Link pomocí konfiguračního nástroje IO-Link. Tento nástroj přečte IODD poskytnutý výrobcem a přiřadí odpovídající porty, jejich adresy a na závěr parametry.
Když se na jedné výrobní lince vyrábějí různé přizpůsobené výrobky, je často vyžadována změna receptury a dodatečná montáž strojů. Například v plnicích provozech, kde se používají různé materiály a/nebo obaly, anebo při výrobě strojů a výrobních zařízení, kde se vyrábějí různé verze. To vede často k prostojům, které mohou být nákladné. IO-Link umožňuje konfigurovatsenzory a akční členy souběžným přenosem procesních a parametrických dat přímo z řídicího systému a během provozu. To umožňuje nepřetržitou výrobu ve velikosti šarže 1, protože doby nastavení jsou nulové.
Díky souběžnému přenosu procesních a parametrických dat umožňuje IO-Link změnu parametrů senzorů a akčních členů během provozu.