La configurazione del sistema IO-Link si compone di diversi passaggi. Per prima cosa, il master IO-Link viene integrato nel sistema di automazione e configurato con la corrispondente descrizione del dispositivo per il rispettivo sistema di bus di campo. Il file di descrizione del dispositivo contiene informazioni sull'intervallo di indirizzi, il numero di porte e le caratteristiche del modulo stesso.
Il secondo passaggio riguarda la parametrizzazione dei dispositivi IO-Link con un tool di configurazione IO-Link. Questo strumento legge l'IODD fornito dal produttore e assegna le porte corrispondenti, i loro indirizzi e infine i parametri.
Quando su una linea di produzione vengono realizzati prodotti diversi e personalizzati, spesso è necessario il cambiamento delle impostazioni e il retrofitting delle macchine. Ad esempio negli impianti di riempimento, dove vengono utilizzati materiali diversi e/o imballaggi, o nella progettazione di macchinari e impianti, dove vengono prodotte diverse versioni. Ciò comporta spesso tempi di fermo impianto, che possono essere costosi. IO-Link consente di configurare i sensori e gli attuatori per il trasferimento simultaneo dei dati di processo e dei parametri direttamente dal sistema di controllo e durante il funzionamento. Ciò permette la produzione continua in dimensione del lotto 1 dal momento che non vi sono tempi di configurazione.
Con il trasferimento simultaneo dei dati di processo e dei parametri, IO-Link consente la riparametrizzazione di sensori e attuatori durante il funzionamento.